A Associação Paulista de Medicina (APM) mantém Departamentos Científicos de várias especialidades, responsáveis por eventos como congressos, reuniões e discussões de casos clínicos, realizados nas dependências da entidade e fora dela.
Departamento de Cirurgia Plástica
Presidente: Carlos Alberto Komatsu
2ª Secretário: Eugênio Gonzalez Cação
Departamento de Psiquiatria
Presidente: Christina Hajaj Gonzalez
1ª Secretária: Hilda Clotilde Penteado Morana
2ª Secretário: Sérgio Ricardo Hototian
Coordenador Científica: Frederico Cúrio Carvalho Júnior